2007年1月，水利部经商浙江省人民政府同意，批复中国水利博物馆机构职责有关事项如下：

一、机构规格

中国水利博物馆为公益性事业单位，机构列在水利部，实行水利部与浙江省人民政府双重领导，以水利部为主的管理体制。机构规格为副司（局）级。

二、主要职责

（一）贯彻执行国家文物事业、博物馆事业的方针、政策和法规，制定并实施中国水利博物馆管理制度和办法。

（二）负责中国水利博物馆展示策划设计，编制《陈列大纲》，承担文物征集、制作、保管及各类藏品的管理工作。

（三）承担各类水利及博物馆专业的科研项目，开展水利史、水文化的学术研究和国际、国内交流，参与水利文物标本的鉴定与研究。

（四）负责收集相关的国内外信息，在国际互联网上创建中国水利博物馆网页，构建博物馆内部信息网络，负责网络系统日常维护管理工作。

（五）负责观众的组织和接待工作，开展对外宣传、对外交流工作，组织对外展览的洽谈、设计和布展工作。

（六）承担中国水利博物馆工程及配套设施建设工作。

（七）承办水利部、浙江省人民政府和浙江省水利厅交办的其他事项。

三、内设机构

根据上述职责，中国水利博物馆内设办公室、财务部、陈列（工程）部、研究部和社教部5个部门。

四、人员编制

中国水利博物馆人员编制由浙江省人民政府按照精简高效的原则，根据博物馆的实际需要核定。

五、干部管理

中国水利博物馆领导班子由水利部、浙江省共同管理，以水利部为主。领导班子职数1正3副，正职由水利部商浙江省同意后任免；副职由浙江省水利厅管理，任免前报水利部备案。

六、日常管理

中国水利博物馆日常管理由水利部、浙江省委托浙江省水利厅承担。

资料来源：水利部人教司      二○○七年七月五日